Для поддержания физического и психического здоровья обучающихся, в том числе для лиц с ограниченными возможностями здоровья, в МАОУ «СОШ № 2 им. Ф.А. Трифонова» созданы и функционируют медицинская и социально-психологическая службы. Медицинский контроль за состоянием здоровья обучающихся осуществляет штатный сотрудник ОГАУЗ "Колпашевская РБ" в соответствии с заключенным договором. Медицинский кабинет находится в образовательной организации и оснащен в соответствии с современными требованиями.
Вход в МАОУ "СОШ № 2 им. Ф.А. Трифонова" оборудован пандусом для обеспечения доступа обучающихся с ОВЗ, в том числе детей-инвалидов, установлены широкие двери и подключен беспроводной звонок для беспрепятственного доступа в здание инвалидов-колясочников, отремонтированы подъездные пути к зданию школы, в здании имеется специальная туалетная комната.